• AA CGU, como órgão central do Sistema de Controle Interno, exerce auditoria interna de natureza contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial, podendo aplicar sanções administrativas aos responsáveis por irregularidades, enquanto o TCU, no exercício do controle externo, realiza auditoria de conformidade e operacional, com competência para julgar as contas dos administradores e aplicar as sanções previstas na Lei nº 8.443/1992, sendo que a atuação de ambos pode ocorrer de forma concomitante, sem que isso configure bis in idem, dada a diversidade de títulos e finalidades.
• BA CGU atua como auditoria externa no âmbito do Poder Executivo Federal, razão pela qual seus relatórios têm natureza vinculante e obrigam o TCU a instaurar processo de tomada de contas especial, enquanto o TCU, como órgão de auditoria interna, limita-se a emitir recomendações sem poder sancionatório, prevalecendo o entendimento de que o controle interno se sobrepõe ao externo em razão da especialidade técnica.
• CO TCU, por ser órgão de auditoria interna do Poder Legislativo, detém competência exclusiva para realizar auditoria de gestão e aplicar sanções aos servidores da autarquia, cabendo à CGU apenas a função de ouvidoria e de correição, sem atribuição para avaliar a economicidade dos contratos, o que caracteriza usurpação de competência caso emita relatório sobre o mérito administrativo.
• DA CGU e o TCU exercem, ambos, auditoria externa, pois integram estruturas distintas do Poder Executivo, sendo que a CGU realiza o controle interno apenas nas entidades da administração indireta, enquanto o TCU atua no controle interno da administração direta, não havendo possibilidade de atuação simultânea sobre os mesmos atos, sob pena de nulidade dos processos por duplicidade de análise.
• EA auditoria interna governamental, exercida pela CGU, tem como finalidade principal a apuração de responsabilidade de servidores e a aplicação de penalidades, enquanto a auditoria externa, exercida pelo TCU, limita-se a verificar a legalidade formal dos atos, sem avaliar os resultados da gestão, razão pela qual a constatação de prorrogação de contratos sem vantajosidade econômica não pode ser objeto de recomendação do TCU, mas apenas de processo disciplinar conduzido pela CGU.

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