No âmbito do Estatuto da AgSUS, aprovado pela Resolução CDA/AgSUS nº 1/2024, a estrutura organizacional da Agência compreende, entre outros órgãos, a Diretoria-Executiva e o Conselho Deliberativo, sendo que a Presidência da Agência é exercida pelo Diretor-Presidente, o qual acumula, necessariamente, a presidência do Conselho Deliberativo, como forma de assegurar a unidade de comando e a integração entre as instâncias decisória e executiva.