No âmbito do Estatuto da AgSUS, aprovado pela Resolução CDA/AgSUS nº 1/2024, a estrutura organizacional da Agência contempla, entre seus órgãos de administração, a Diretoria Executiva e o Conselho Deliberativo, sendo que a Presidência da Agência é exercida pelo Presidente da Diretoria Executiva, o qual também integra o Conselho Deliberativo, acumulando, assim, funções executivas e deliberativas na mesma pessoa.