No âmbito do Estatuto da AgSUS, aprovado pela Resolução CDA/AgSUS nº 1/2024, a estrutura organizacional da Agência compreende, entre outros, o Conselho Deliberativo, a Diretoria Executiva e o Conselho Fiscal, sendo que a este último compete, nos termos do referido normativo, emitir parecer prévio sobre as contas anuais da Agência, sem, contudo, dispor de competência para deliberar sobre a aprovação ou rejeição dessas mesmas contas, atribuição reservada ao Conselho Deliberativo.