No âmbito do Estatuto da AgSUS, aprovado pela Resolução CDA/AgSUS nº 1/2024, a estrutura organizacional da Agência compreende, entre outros, a Diretoria Executiva e o Conselho Deliberativo, sendo que a Presidência da AgSUS é exercida por um de seus diretores, eleito pelo Conselho Deliberativo, e o mandato dos membros da Diretoria Executiva é de quatro anos, permitida a recondução.