No âmbito do Estatuto da AgSUS, aprovado pela Resolução CDA/AgSUS nº 1/2024, a estrutura organizacional da Agência compreende, entre outros órgãos, a Diretoria Executiva e o Conselho Deliberativo, sendo que a Presidência da AgSUS é exercida pelo Presidente da Diretoria Executiva, o qual também integra o Conselho Deliberativo, situação que assegura a unidade de comando e a harmonia entre as funções executivas e deliberativas da entidade.