No âmbito do Estatuto da AgSUS, aprovado pela Resolução CDA/AgSUS nº 1/2024, a estrutura organizacional da Agência compreende, entre outros órgãos, a Diretoria Executiva e o Conselho de Administração, sendo que compete privativamente ao Conselho de Administração aprovar o regimento interno da AgSUS, vedada a delegação dessa atribuição à Diretoria Executiva.