No âmbito do Estatuto da AgSUS, aprovado pela Resolução CDA/AgSUS nº 1/2024, a estrutura organizacional da Agência compreende, entre outros órgãos, a Diretoria Executiva e o Conselho Deliberativo, sendo que a Presidência da AgSUS é exercida por um de seus diretores, eleito pelo Conselho Deliberativo para mandato de três anos, permitida a recondução.