No âmbito do Estatuto da AgSUS, aprovado pela Resolução CDA/AgSUS nº 1/2024, a estrutura organizacional da Agência compreende, entre outros órgãos, a Diretoria Executiva e o Conselho Deliberativo, sendo que a este último compete, privativamente, aprovar o regimento interno da AgSUS, enquanto à Diretoria Executiva cabe a prática dos atos de gestão administrativa e a representação legal da Agência.