No âmbito do Estatuto da AgSUS, aprovado pela Resolução CDA/AgSUS nº 1/2024, a estrutura organizacional da Agência compreende, entre outros órgãos, a Diretoria Executiva e o Conselho Deliberativo, sendo que a Presidência da AgSUS é exercida por um dos Diretores indicados pelo Conselho Deliberativo e nomeado pelo Ministro de Estado da Saúde, cabendo ao Conselho Deliberativo, ainda, a competência para aprovar o Regimento Interno da Agência, mediante proposta da Diretoria Executiva.